上北山村は奈良県南東部に位置しています。 面積は274.22kmあり奈良県で4番目に大きな面積を有しており、村域面積の97％を森林が占めています。 村の東側には大台ヶ原を中心とする台高山脈を有する吉野熊野国立公園、西側には世界遺産として登録されている大峯奥駈道を有する大峯山脈に囲まれて、その間を北から南にかけて北山川が熊野灘へ流れる地域となっています。